Rok 2021, grupa naukowców z Harvard University i MIT (Massachusetts Institute of Technology), opublikowała pracę, która daje ciekawe odpowiedzi na pewne wątpliwości.
Jak to możliwe, że licznie prezentowane opinie, jakoby wirusowego RNA nie można przekształcić w DNA, mogą pozostać bezkarne, skoro od dawna istnieje obfita literatura, która temu zaprzecza?
W cytowanym dziś artykule autorzy dostarczyli mocnych dowodów na to, że RNA SARS-CoV-2 może podlegać odwrotnej transkrypcji do DNA i integracji z ludzkim DNA.
Poproszono ich o zbadanie tego pomysłu po zaobserwowaniu, że wielu pacjentów nadal daje pozytywny wynik testu PCR na COVID-19 po tym, jak wirus został już usunięty z ich organizmu po przebytej chorobie.
Autorzy znaleźli chimeryczne transkrypty, które zawierały sekwencje wirusowego DNA połączone z sekwencjami DNA komórkowego u pacjentów, którzy wyzdrowieli z COVID-19.
Ponieważ COVID-19 często wywołuje burzę cytokinową w ciężkich przypadkach, potwierdzili możliwość zwiększonej aktywności odwrotnej transkryptazy poprzez badanie in vitro z użyciem pożywek kondycjonowanych zawierających cytokiny w hodowlach komórkowych.
Odkryli 2-3-krotną regulację w górę endogennej ekspresji LINE-1 w odpowiedzi na cytokiny.
Egzogenny RNA wirusa wprowadzony do ludzkiego DNA może wytwarzać fragmenty białek wirusowych w nieskończoność po usunięciu infekcji, co daje wynik fałszywie pozytywny w teście PCR. Zhang, L., Richards, A., Barrasa, M, I., Hughes, SH, Young, RA i Jaenisch, R. (2021).
SARS z odwróconą transkrypcją- RNA CoV-2 może integrować się z genomem hodowanych komórek ludzkich i może ulegać ekspresji w tkankach pochodzących od pacjenta.
Materiały Narodowej Akademii Nauk 118(21): e2105968118.
Opis zdjęcia:
SARS-CoV-2 RNA może podlegać odwrotnej transkrypcji i integracji z genomem komórki gospodarza.
( A ) Eksperymentalny przepływ pracy.
( B ) Sekwencja chimeryczna z odczytu sekwencjonowania Nanopore pokazująca integrację pełnej długości subgenomowej sekwencji RNA SARS-CoV-2 NC (magenta) i ludzkich sekwencji genomowych (niebieski) flankujących obie strony wintegrowanej sekwencji wirusowej.
Cechy wskazujące na „odwrotną transkrypcję liniową” za pośrednictwem LINE1 obejmują duplikację miejsca docelowego (żółte podświetlenie) i sekwencję rozpoznawaną przez endonukleazę LINE1 (podkreślone).
Sekwencje, które można zmapować do obu genomów, przedstawiono na fioletowo z niedopasowaniami do ludzkich sekwencji genomowych kursywą.
Strzałki wskazują orientację sekwencji w odniesieniu do genomu ludzkiego i SARS-CoV-2, jak pokazano na C iD .
( C ) Wyrównanie odczytanego nanoporu w B z ludzkim genomem (chromosom X) pokazującym miejsce integracji.
Sekwencje ludzkie w regionie połączenia pokazują miejsce docelowe, które zostało zduplikowane po zintegrowaniu cDNA SARS-CoV-2 (żółte podświetlenie) i sekwencję rozpoznawaną przez endonukleazę LINE1 (podkreślone).
( D ) Wyrównanie nanoporów odczytane w Bz genomem SARS-CoV-2 wykazującym zintegrowany wirusowy DNA jest kopią pełnej długości NC subgenomowego RNA.
Podświetlone na jasnoniebiesko regiony są powiększone, aby pokazać sekwencje TRS-L (I) i TRS-B (II) (podkreślone, są to sekwencje, w których polimeraza wirusowa przeskakuje, aby wygenerować subgenomowy RNA) i koniec sekwencji wirusowej na poli(A) ogon (III).
Te cechy sekwencji wirusowej (I–III) pokazują, że kopia DNA pełnej długości subgenomowego RNA NC została zintegrowana w sposób retro.
( E) Chimeryczna para ludzko-wirusowa odczytu z sekwencjonowania całego genomu sparowanego końca Illumina.
Parę odczytu pokazano z dopasowaniem do genomu ludzkiego (niebieski) i SARS-CoV-2 (magenta). Strzałki wskazują orientacje odczytu względem genomu ludzkiego i SARS-CoV-2.
Podświetlony (jasnoniebieski) region ludzkiego mapowania odczytu jest powiększony, aby pokazać sekwencję rozpoznawaną LINE1 (podkreśloną).
( F ) Rozkład połączeń chimerycznych człowiek-CoV2 z sekwencjonowania Nanopore (po lewej ) i Illumina (po prawej ) w odniesieniu do cech ludzkiego genomu.
Autor; Roman Pleszyński
___________________________
